加盟店とは、
クレジットカード払いに対応している一般的なお店のことです。
クレジットカード会社に加盟することで、クレジットカード払いの決済が可能になります。

そして加盟店手数料とは、
クレジットカード会社や信販会社と契約している加盟店が、
クレジットカード会社に支払う手数料のことです。

支払うと言っても、クレジットカード会社が、
クレジットカード利用者の代わりにお店に代金を支払う時、
代金から一定の割合で手数料引かれるので、
お店からすると、勝手に引かれてしまうイメージです。

例えば、自分がクレジットカードを使って、お店で100円のりんごを1個買うとします。
クレジットカード会社がクレジットカード利用者の代わりに100円をお店に払います。
このとき、100円から手数料を引かれて、クレジットカード会社から代金が支払われます。
例)100円 - 手数料 = お店の手元に行く代金

買い物をする側に手数料を上乗せするのは規約違反なので、
もし、お店から手数料を払えと言われても、それはお店が不正をしているので、
手数料を払う必要がないので拒否できます。
クレジットカード利用者に負担はありません。
クレジットカードを使うと、お店だけが損をするように見えますが、
現金の手持ちが少ない客をお店に呼び込むことができるので、
手数料がかかってもクレジットカード会社と契約するみたいです。